Изменений нет, при движении накатом у Вас по прежнему максимальное разрежение не превышает 190, а должно быть 150 примерно. Проверяли цепь от тройника на вакуумном усилителе тормозов до электровакуумного насоса? Между насосом и тройником стоит воздушный клапан, вероятность выхода из строя есть, но низкая.

Сегодня заменил часть трубок на силиконовые, установил два новых клапана вентиляции картерных газов. Проблемы с подергивания практически ушли, но вот разрежение как показывает Торк стало ещё хужу в районе 200-230

Предохранитель и реле электровакуумного насоса находятся в блоке под капотом, смотрите схему расположения во вложенном файле.
Предохранитель - FM2
Реле - D

Вот так должны правильно быть расположены обратные клапана?

В каком направлении должен открывтьсяобратный клапан со знаком вопроса?

Привет. Это родныеклапаны? У меня один пропускает, надо бы сменить

Нет, не родные, но встанут как родные. Это клапана VIKA 915487

В направлении от адсорбера к воздуховоду.

Сегодня вынул предохранитель и покатался без него. Ошибка не выскачила, поведение машины не изменилось. Возникает ощущение что электровакуумному насос просто не работает. Выкладываю логи

Надо прозвонить обмотку электровакуумного насоса, прежде чем подписывать приговор.
Надо убрать реле, обмотка насоса подключена к пятому выводу реле. При выключенном зажигании тестером замерить сопротивление между пятым контактом колодки в блоке и массой, какое то сопротивление должно быть, если обрыв, тогда да, насосу конец.
Если нет, то подать (+) от аккумулятора на пятый контакт колодки реле, должно быть слышно работу насоса. Схема во вложении:
907- это насос
1566 - реле насоса (D)
597 - предохранитель FM2 ( его вы удаляли, надо вернуть на место).
Если по результатам проверки насос работает, то останется два варианта:
1. Неисправность реле. При вынутом реле и работающем двигателе проверяем напряжение на контакте (1) колодки реле и контакте (3), должен быть плюс.
Выключаем, вставляем реле на место, несколько раз нажимаем на тормоз для сброса разрежения, заводим. Или снимите трубку с тройника усилителя тормозов к впускному коллектору, при этом точно ЭБУ включит электровакуумный насос и появится возможность проверить разрежение, создаваемое насосом манометром или....
Признаком включения реле ЭБУ будет примерно 0 вольт на контакте (2).
При этом (+) должен быть на (3) контакте колодки от предохранителя и (5), если реле исправно.
Если с электричеством не дружите, лучше привлеките электрика.
2. Неисправность магистрали от насоса к вакуумному усилителю тормозов.

Мои подозрение подтвердились, насос не исправен, кроме того магистраль от ВУТ к насосу была повреждена. Сейчас магистраль заменил на силиконовый шланг, насос ставить не стал, конец шланга загерметизировал. Насос заказал новый, жду

Вот и славно, удачи Вам!

Спасибо Вам за помощь! Как установлю новый насос отпишусь.

Насос заменил, теперь работает, но разряжение во впускном коллекторе все равно высоковато, как было в районе 190-200 так и осталось

Насос перед установкой проверили? Если насос гарантировано работает, то варианта останется два:
1. Неисправен клапан в магистрали между насосом и тройником.
2. Не подается питание на насос, это разбирали Выше.
Ну или из минимально вероятного:
1. Неисправность датчика разрежения.
2. Объем утечек из впускного коллектора превышает возможности насоса.

Насос включается работает и отключается проверено. Датчик разряжения, это что за датчик, где стоит?

Датчик разрежения стоит в тройнике на вакуумном усилителе тормозов, куда подходит магистраль от электровакуумного насоса. Забудьте о нем, когда в коллекторе накатом будет 150 и все равно будет выскакивать ошибка, тогда надо о нем думать.
На этой магистрали так-же стоит обратный клапан. Проверяли наличие разрежения при работающем насосе после него? Клапан должен быть включен в направлении от тройника к насосу (стрелка).
Кстати, если насос отключается, значит необходимое разрежение присутствует. В этом случае ошибка появляться не должна.

Клапан на магистрали от тройника к насосу у меня отсутствует...

По схеме должен быть, вероятно на случай утечек через отказавший насос. Может и отказались от него.

Вот так теперь выглядит работа ДВС. Остались две ошибки ЭБУ это функциональный отказ катализатора, и короткое замыкание на нижнем датчике кислорода. Через Pyren возможно отключить опрос ЭБУ нижнего датчика кислорода?